戰鬥系統
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遊戲的戰鬥系統採取類回合制。式神以及敵方角色按彼此速度的快慢依次行動，式神行動時可以選擇普通攻擊或消耗“鬼火”進行技能釋放。鬼火上限為8個，起始時默認2個，在己方式神的“開始回合階段”累積6次後恢復，且恢復的鬼火數目依次遞增（第一次3，第二次4，然後全部5）。
战斗可选择手动和自动两种模式：手动模式下，玩家需控制阴阳师和式神的行动；自动模式下，阴阳师和式神的行动交由游戏AI进行。
每次戰鬥時，陰陽師可攜帶一定數量的式神出戰（劇情副本三式神，其他副本五式神）多人組隊時一般為五式神隊伍，按以下方式出戰：
＃兩人組隊時，隊長攜帶一陰陽師兩式神出陣，另一隊員攜帶三式神出陣;
＃三人組隊時，隊長攜帶一陰陽師一式神出陣，另外兩隊員各攜帶兩式神出陣。
进行剧情副本时可携带两式神观战。战斗一般以己方或敌方全灭为终结，胜利之后可获得相应经验和奖励，观战式神也可获得比出战式神较少的经验。
成就系統
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《阴阳师》中任务分为每日任务和剧情任务，每日任务是玩家角色每天都可以完成的任务，完成后系统会自动赠送与任务相对应的奖励，剧情任务是游戏中的主线任务，其剧情是做成一幕幕舞台剧的形式来展示，让玩家获得类主机单机游戏的专注剧情体验，而剧情任务有角色等级限制，玩家角色需要达到剧情任务限制等级条件时才可以解锁进入对应的剧情任务，完成剧情任务可以解锁“探索”中的章节地图关卡。后推出成就点数和平安百物语系统，成就点数根据游戏内人物角色式神的升级，皮肤数量，联动游戏决战！平安京的任务，而提高，提高到一定程度后会得到奖励，平安百物语是根据式神获得而开放给玩家，以故事的形式更加完善游戏的世界观。
非酋成就
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＃非酋初级
达成条件：连抽100张符咒（不包括破碎的符咒）不出SSR
奖励内容：1000勾玉+1个奉為达摩
＃非酋中级
达成条件：连抽200张符咒（不包括破碎的符咒）不出SSR
奖励内容：2000勾玉+1御行达摩
＃非酋高级
达成条件：连抽300张符咒（不包括破碎的符咒）不出SSR
奖励内容：3000勾玉+3个御行达摩
＃非洲阴阳师（月见黑）
达成条件：连抽400张符咒（不包括破碎的符咒）不出SSR
奖励内容：4000勾玉+5个御行达摩+月见黑头像框
＃非洲大阴阳师
达成条件：连抽500张符咒（不包括破碎的符咒）不出SSR
奖励内容：5000勾玉+8个御行达摩
注：当玩家抽出SSR则视为中断，重新计数。
欧皇成就
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＃达成条件：集齐全部式神。
奖励内容：欧皇头像框。
“日月同辉”头像框
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当玩家同时拥有非洲大阴阳师和欧皇成就时，系统会奖励玩家“日月同辉”头像框，并给予玩家5个御行达摩。
式神召喚
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游戏中的式神可以通过以下几种方式获得：
＃「勾玉」和「神秘的符咒」召喚，可以召喚R/SR/SSR/SP的式神。
＃「現世符咒」召喚，可以召喚R/SR/SSR/SP的式神。
＃「破碎的符咒」召喚，可以召喚N/R的式神。
＃ 「式神碎片」合成。
「勾玉」和「神秘的符咒」均可在遊戲內的商城購買，或完成任務的獎勵獲得；「現世符咒」可以通過遊戲活動獎勵獲得；「破碎的符咒」可通過完成日常任務的獎勵獲得；「式神碎片」可以通過「百鬼夜行」、懸賞封印及「陰陽寮」祈願獲得。
另外，每周分享召喚成果或圖鑒繪卷可獲得一張「神秘的符咒」；每月於「神秘的符咒」或「勾玉」召喚上畫出「神秘的符咒圖案」，可獲一張「神秘的符咒」。
召喚概率如下：
＃「勾玉」、「神秘的符咒」和「現世符咒」召喚 概率分別為 R 78.75%，SR 20%，SSR 1％，SP 0.25%。
＃ 「破碎的符咒」召喚概率分別為 N87%，R13%。
觉醒
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游戏中的式神大部分 (稀有度除N，以及SP) 可进行一次觉醒。式神觉醒的必要素材可在通关“觉醒副本”后获得。收集一定数量的指定素材后式神便可觉醒。
式神觉醒后基本能力数值会增强，部分技能升级，或达成传记开启的条件。同时觉醒后的式神会开启外觀功能（造型变更），可以选择保留觉醒形态的外觀、恢复未觉醒前的外觀、或去商城购买外觀穿着。
目前新出的sp系列式神，不需觉醒，且具备与其他式神觉醒后相等的面板属性
訓練
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訓練分為升級、升星和轉換三種。
＃升級需使用其他式神作素材，並花費金幣。
＃升星需使用2-5個同星式神作素材（例如要升1位三星式神到四星，需使用3個三星式神作素材），同樣需花費金幣。升星可令該式神的等級上限提升5級，最高40級。
＃使用與被育成式神相同的式神（或御行達摩）作素材時，被育成式神的技能等級會提升。
＃轉換能把兩位式神的等級和星級對調，但技能等級不變。需使用轉換符。
御魂
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遊戲中的御魂能夠強化式神的各項能力值，所有式神皆可以裝備至多6個御魂，御魂隨著種類的不同會有著不同的加成；御魂能夠透過「御魂副本」、「神秘商店」、「探索副本」和「陰界之門」等地方取得。
御魂系統分為6個方位(分別為壹、貳、叁、肆、伍及陸)。每一個方位只能裝備1個同位置的御魂，不同方位的御魂有著不同的主屬性；第壹方位的御魂主屬性只能為攻擊，第叁方位的御魂主屬性只能為防禦，第伍方位的御魂主屬性只能為生命，而第貳方位的御魂主屬性為攻擊加成，防禦加成，生命加成，速度四種屬性的其中一個，第肆方位的御魂主屬性為攻擊加成，防禦加成，生命加成，效果命中，效果抵抗五種屬性的其中一個，第陸方位的御魂主屬性為攻擊加成，防禦加成，生命加成，暴擊，暴擊傷害五種屬性的其中一個。每一個御魂和式神的星等相同，亦分為一到六星，星等越高，提供的屬性加成越多也越稀有；御魂可進一步強化來讓能力值提升，每一方位和每一星等的御魂最多只能強化至+15。每強化3的倍數，就有機率除了強化主屬性外，還隨機開啟第二排後的「副屬性」，副屬性不論方位皆為隨機出現，至多出現5排能力，同一種的能力有可能重複出現，而越高等的御魂需要消耗更多其他的御魂及金幣來強化
每一種的御魂皆有所謂的「套裝效果」，每裝備兩個相同種類的御魂(方位不限)即可獲得指定屬性的加成或能力；而裝備四個相同種類的御魂(方位不限)，除了能獲得指定的屬性，還能開啟專屬的御魂套裝效果，每個裝備中的御魂星等高低及強化不影響其套裝能力。